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在網路上找到一篇【教學】修改IIS的Banner提到用微軟出的URLScan可以完成。
首先是安裝URLScan 2.5，可由此下載
http://microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyId=23D18937-DD7E-4613-9928-7F94EF1C902A&displaylang=en
執行Setup.exe後會安裝在%windir%\system32\inetsrv\urlscan目錄下
接著修改：%windir%\system32\inetsrv\urlscan\urlscan.ini，將RemoveServerHeader設為1:

RemoveServerHeader=1           ; if 1, remove "Server" header from response

改完存檔後，執行%windir%\system32\inetsrv\urlscan\urlscan.exe
重新啟動IIS即可

參考資料
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=307608
http://www.pczone.com.tw/vbb3/archive/t-115211.html